微信小商店和小程序商城都是基于微信生态的电商平台，但是它们之间存在一些差异，主要表现在以下几个方面：
1、开通方式：小商店是由微信提供的一种电商服务，可以直接在微信公众平台上开通，而小程序商城则需要通过第三方小程序开发工具开发。
2、功能和限制：小商店提供了基本的商品发布、订单管理、客服等功能，但是受到微信平台的限制，无法使用自定义功能和插件。小程序商城则可以使用更多的自定义功能和插件，但是需要具备一定的技术能力和经验。
3、用户群体：小商店主要面向个人和小微企业，提供简单易用的电商服务。小程序商城则可以面向各种规模的企业和商家，提供更加灵活和强大的电商解决方案。
4、发展空间：小商店受到微信平台的限制，发展空间相对较小。小程序商城则可以通过自主开发和优化，获得更大的发展空间。
综上所述，小商店和小程序商城各有优劣，建议您根据实际需求和预算选择合适的开发方式。如果您需要更加灵活和强大的电商解决方案，可以考虑使用小程序商城