外卖小程序对接第三方配送的收费方式有以下几种：
1、按订单数收取。这种方式简单易懂，商家可以通过订单量的调整实现节省成本的目的。但这种方式无法衡量商家对服务质量、配送时间等可能产生的影响。
2、按配送距离收取。这种方式避免了由订单数量导致的成本过高的风险，同时也增加了配送方的服务质量和信誉度。但商家也需要根据配送范围来调整菜单，费用等方面的改变。
3、按销售额收取。这种方式很符合实际财务运营的核心思想。但商家也需要提供额外的推广和客户维护服务。
不同的外卖小程序对接第三方配送的收费方式略有不同，具体以各平台公布信息为准。