如果提供的资质文件主体与小程序注册主体不一致，可能会导致审核不通过。因为微信小程序审核时需要确保小程序的实际运营者与注册主体是一致的，这样才能确保小程序的真实性和合法性。
如果提供的资质文件主体与小程序注册主体不一致，审核人员可能会认为存在冒用或挂靠行为，从而拒绝通过审核。因此，建议小程序的注册主体和运营者保持一致，以确保顺利通过审核。
如果确实存在不一致的情况，可以考虑重新注册小程序，并确保注册主体和运营者一致。或者与第三方机构联系，寻求解决方案。