原生小程序和uniapp在开发语言、开发流程和部署资源等方面存在一些区别。
1.开发语言：原生小程序使用JavaScript，而uni-app使用Vue.js。
2.开发流程：uni-app可以使用现代前端开发工具，支持多平台，而原生小程序只能使用微信开发者工具进行开发，仅支持微信小程序和云开发。
3.部署资源：uni-app只需要支持一份资源就可以实现跨平台，部署简单便捷，而原生小程序需要针对每个平台进行编译，并上传到微信审核才能实现跨平台。
总的来说，uniapp具有跨平台性，可以用一份代码开发多个平台，而原生小程序则更适合需要使用设备原生功能的应用程序，如相机、传感器、地理位置等。