是的，小程序每年都需要支付一定的费用。具体来说，小程序认证需要支付300元的费用，每年都需要重新认证。此外，小程序的使用费用、服务器费用、域名费用等也需要每年支付。因此，小程序的开发公司和用户需要协商好每年的费用标准和支付方式，以确保小程序的正常运营和使用。