支付宝小程序和微信小程序的区别主要在于它们的运行环境不同。微信小程序运行在微信app内，而支付宝小程序运行在支付宝app内。此外，微信小程序的功能性会比较复杂，商业属性更强，而在产品设计逻辑上，微信小程序较为专注简约和直观，只提供了搜索功能及竖排的近使用微信小程序列表，更加照顾用户体验。